Die Kirche San Francesco ist die einzige einschiffige Saalkirche in der Altstadt. Das Grundstück, auf dem sie errichtet wurde, wurde Anhängern des Heiligen aus Assisi etwa zwei Jahre nach dessen Tod 1226 geschenkt. Die Kirche war ursprünglich der Heiligen Magdalena geweiht. Heute zählt sie zu den Schätzen der Bettelordenarchitektur. Eine komplette Sanierung der Kirche, einschließlich des Konvents, im Jahre 2013 ist der Stiftung Fondazione Cassa di Risparmio di Lucca.zu verdanken.
Die feierliche, aber zugleich strenge und leuchtende Fassade bietet eine der suggestivsten Perspektiven der Stadt. Die Struktur im Innenbereich wurde ohne Querschiff konzipiert, aber mit einem dreiapsidialen Abschluss. Die Seitenwände sind mit verschiedenen eleganten Seitenaltären, mit Fresken und Glasmalereien geschmückt.
Die Kirche San Francesco war einst Anlaufstelle für Notbedürftige der Stadt und eine ansehnliche Konventschule. Heute gehört die Kirche zum Campus der IMT Hochschule, der Scuola di Alti Studi IMT. Die Anlage von etwa 12.000 Quadratmetern gruppiert sich um die Kirche und drei lichte Kreuzgänge.
Die große Kirche ist zur Besichtigung samstags und sonntags geöffnet. Außerdem finden hier wichtige kulturelle Veranstaltungen statt.