Después de las guerras de Garfagnana (1604-1620), que terminaron con la victoria contra los Estenses, la ciudad de Lucca disfrutó de un periodo de paz y prosperidad, hasta la llegada de las tropas napoleónicas en 1799. La política luquesa eligió adoptar algunos ideales para conservar su libertad: permanecer al margen de los acontecimientos internacionales, evitar insidias y enfrentamientos con los vecinos y crear un potente sistema defensivo para desalentar a posibles invasores. Se empleó gran parte de los recursos financieros estatales en la construcción del último recinto amurallado, que se terminó en 1645.
La fertilidad del campo, la red económica de pequeñas y medianas empresas y la paz social protegida por los gobernantes permitieron el mantenimiento del bienestar de la población. En 1628, Lucca se convirtió definitivamente en una república oligárquica: el Consejo General instituyó el Libro d’Oro de las 224 familias que podían acceder a los más altos cargos, siguiendo el modelo de Venecia. Esta decisión empobreció el sistema político y lo hizo más rígido, lo cual condujo al cierre paulatino de las ciudades y al desinterés por el impulso comercial que se había promovido en el pasado.
La situación europea, junto con la política proteccionista, obligó a los luqueses a irse a lugares cada vez más lejanos y difíciles. A partir del siglo XVI, se reinvirtieron muchos capitales en la agricultura, con saneamientos y cultivos que se extendían por todo el territorio de la república, en el que iba aumentando el número de villas gentilicias. Durante el siglo XVIII, manteniendo este rentable planteamiento, el excelente estado de la Hacienda permitía considerar la posibilidad de extinguir la deuda pública. El gobierno comenzó a afrontar tímidamente algunas reformas de corte ilustrado: en 1758 una operación de piratería editorial permitió a Ottaviano Diodati y a sus colaboradores imprimir la primera edición italiana de la Encyclopèdie de Diderot y D’Alembert. Además, se inauguró la Universidad en 1790.
Debido a su vocación cosmopolita, por su vínculo constante con el mundo de los negocios, del comercio y la cultura, Lucca nunca se ha limitado a una mera dimensión “provincial”. Con el Congreso de Viena (1815), Lucca se constituyó en ducado (Ducatus Lucensis) bajo la soberanía de María Luisa de Borbón y posteriormente de su hijo Carlos Ludovico. Lucca se convirtió en capital y siguió siéndolo hasta su cesión al Ducado de Toscana, que tuvo lugar en 1847.
La ciudad vivió una época de gran esplendor económico durante la segunda mitad del siglo XIX, sobre todo en los sectores agroalimentario, textil y papelero, gracias al aprovechamiento de los recursos hídricos del territorio.