Paolo Guinigi se donna beaucoup de mal pour garantir une pacification de la ville et un retour des exilés. L’économie fut relancée et le système fiscal réformé. La politique étrangère fut gérée avec prudence en reconnaissant la petite dimension de Lucques par rapport à la formation des états régionaux italiens.
Le pouvoir de Paolo Guinigi fut conservé en partie grâce à ses mariages arrangés, comme celui avec la jeune Ilaria del Carretto qui malheureusement mourut de façon précoce. Pour Ilaria, on fit construire autour de 1406 le célèbre sarcophage en marbre, aujourd’hui conservé dans la cathédrale de S.Martino. Les tensions et les guerres entre Venise et Florence, unies contre la Milan de Filippo Maria Visconti, allié important de Lucques, conduisirent à une crise qui permit aux Florentins d’assiéger la ville en 1429. En 1430, un complot interne déposa Paolo Guinigi et l’exila.
Après le retour de la République, Lucques obtint en 1438 la paix avec Florence, soutenue par l’aide militaire des Visconti. La situation territoriale cependant était compromise : la Garfagnana avait été envahie en partie par les Estensi, Barga était florentine, Pietrasanta occupée par les Génois puis par les Florentins. Toutefois la petite république désormais réduite territorialement à une cité-état, retrouva la prospérité dans la seconde moitié du XVème siècle à travers des activités commerciales internationales, comme la production de tissus de soie de qualité. L’industrie de la soie entra en crise au XVIème siècle, quand la concurrence avec les autres centres européens conduisit à la surproduction et à la révolte des tisseurs.
Grâce aux contacts commerciaux avec le nord de l’Europe, la ville de Lucques accueillit la réforme protestante : la présence d’“hérétiques” dans pratiquement toutes les plus grandes familles lucquoises était tolérée et minimisée. Mais la peur d’une croisade florentine bénie par le Pape poussa les habitants de la ville à un exil volontaire en direction de Genève et d’autres villes du nord. La République de Lucques se montra décidée à garder intacte sa juridiction sans s’adapter à des interférences de l’Église et, ensuite, à l’établissement de l’Inquisition.
L’exode de certaines des plus grandes familles lucquoises appauvrit la ville en capitaux, ressources humaines et culturelles. À partir de 1556 la réforme du Gonfalonier Martino Bernardini rendit les fonctions publiques accessibles seulement aux familles à l’ascendance la plus ancienne, démonstration de l’empreinte oligarchique sur la République de Lucques. Du point de vue de l’urbanisme, entre la fin du XVème siècle et le début du XVIème, la plupart des palais de l’aristocratie citadine fut rénovée selon les canons de l’architecture contemporaine toscane et les tours médiévales à l’abandon furent décimées et abattues. Ces changements urbains s’intégrèrent dans le tissu de la ville qui conserva volumes et stratifications.
