La chiesa di San Michele in Cipriano fu costruita nel 720 nel “borghicciolo”, naturale estensione del borgo di San Gervasio. L'attuale chiesa fu ricostruita nel 1195 per ovviare alle sue cattive condizioni, aggravate da un crollo avvenuto nel XII secolo, riutilizzando fasce ornamentali e pilastri probabilmente prelevati dalla chiesa più antica.
La chiesa attuale fu ricostruita nel 1195 a causa delle sue cattive condizioni e di un crollo avvenuto nel XII secolo, riutilizzando fasce ornamentali e pilastri probabilmente provenienti dalla chiesa precedente.
Dal 1260 si chiama “Ecclesia S. Michaelis de Borghiciolo”. Michaelis de Borghiciolo”. Nel 1433, il priore di San Bartolomeo in Silice donò la chiesa di San Michele, una casa adiacente, un orto e altri beni della chiesa a Suor Marchesana di Pagano Portici, madre superiora delle monache del Terzo Ordine.
Nel 1460 la chiesa fu consacrata e il monastero vide aumentare il numero delle monache che si sottomettevano alla regola di Santa Chiara. Dall'inizio del Cinquecento agli ultimi anni del Settecento furono eseguiti diversi lavori di muratura, restauro e decorazione nella chiesa e nel monastero. Nel 1806, in base al decreto emanato dal governo Baciocchi, che prevedeva la soppressione e la confisca dei beni delle comunità religiose del Principato di Lucca, il monastero di San Micheletto fu rilevato e utilizzato come scuderia per la residenza dei principi a Villa Buonvisi.
Nel 1827, con il trasferimento delle Clarisse, la proprietà privata passò alla comunità monastica. I monaci si occuparono di chiudere la vicinanza tra i monasteri di San Micheletto e della Visitazione, costruendo un muro che separava i due complessi dalla piazza pubblica e permettendo l'uso esclusivo della proprietà da parte dei due monasteri.
I lavori di restauro della chiesa iniziarono nel 1857. Con l'unità d'Italia, la minaccia dell'abolizione degli ordini religiosi si fece nuovamente sentire. Nel 1896, il Comune chiese e ottenne la chiusura del monastero, pur consentendo alle monache di utilizzarne una parte.
Nel 1901, il Comune di Lucca lo restituì alle monache; in seguito, temendo ulteriori oppressioni, la comunità religiosa cedette la proprietà del monastero all'Opera Pia di Terrasanta. Nel 1945 il monastero, che non era più abitato e non da più di qualche suora, iniziò una serie di contratti di locazione con istituti scolastici per la maggior parte dei locali dell'ala nord del complesso.
Quando le monache abbandonarono il complesso, San Micheletto divenne proprietà della Cassa di Risparmio di Lucca nel 1972.