L'église de Saint-François, l'une des rares églises à salle unique de la ville, est l'une des premières de ce type dans la péninsule après la mort du saint d'Assise (1226).
Les Franciscains y ont vécu de 1228 à 2003.
La construction de l'édifice s'est achevée vers 1430, la décoration intérieure a eu lieu entre le XIVe et le XVIIe siècle, tandis que la façade, revêtue de calcaire blanc, est restée inachevée jusqu'en 1930.
En 1840, l'église est devenue une propriété privée et les peintures ont été transférées dans divers musées de la ville. En 1901, l'édifice est redevenu la propriété de la municipalité de Lucques et en 1910, il a été rouvert au culte.
Au cours de huit siècles d'histoire, l'oratoire original dédié à Marie-Madeleine a changé d'aspect pour devenir un joyau de l'architecture « mendiante » qui a été entièrement récupéré grâce à une impressionnante restauration en 2013.
L'aspect solennel mais austère et la façade blanche et imposante offrent l'une des vues les plus évocatrices de Lucques, tandis que l'intérieur se présente comme une pièce unique ponctuée d'élégants autels latéraux et de trois splendides absides terminales, décorées de fresques et de vitraux.
Au fil du temps, les tombes et les plaques commémoratives de nombreux citoyens importants de Lucques ont été rassemblées à l'intérieur de l'église : Giovanni Guidiccioni, Ugolino Visconti, Francesco Geminiani, Luigi Boccherini et Giacomo Puccini.
Derrière le maître-autel, les grandes stalles de chœur en bois marqueté avec l'orgue à tuyaux, construites entre 1930 et 1940, et le lutrin, également en bois marqueté, sont toujours utilisés.
Point de référence historique pour les nécessiteux de la ville et prestigieuse école, San Francesco fait partie d'un ensemble qui, autour de trois cloîtres lumineux, voit se développer une véritable « citadelle » de 12 000 mètres carrés, aujourd'hui utilisée comme campus pour la Scuola di Alti Studi IMT.
La grande église est ouverte au public pour des visites le week-end et accueille souvent d'importants événements culturels.